二者都有抑制过电压保护电气设备的作用。
一般意义上的过电压保护器是对工频过电压进行保护的，所谓工频过电压，往往产生在操作过程中，如开关开断时电弧未过零就被开断时会有过电压，回路开断时由于回路波阻抗不同而产生电压反射波叠加的操作过电压等等，这些过电压都是工频过电压，也就是其电压波形的频率还是维持50HZ没变。
避雷器是保护雷电过电压的，避免器件遭受雷击瞬时高压的损坏，这种过电压波形前端很陡，频率很高，但后续电流很小，避雷器可以将雷电波的峰值泄放从而保证其后面的电器安全 。通常避雷器正常情况下是处于断路，在经过雷击高压时导通将其释放到大地上。避雷器不负责引雷，如果雷电击中输电线路，雷电过电压会随着输电线路流向变压器或者流过配电装置时，此时避雷器泄流，防止配电装置被击坏。
